Prvním krokem Nádherného v archivu bylo vypracování podrobné zprávy o stavu archivu pro gubernium. Zprávu dokončil v 23. února 1823. Zpráva byla značně kritická a odsoudila práci všech jeho předchůdců včetně Klausera. Nádherný se proto rozhodl, že vytvoří návrh na zcela novou manipulaci archivu, která by uvedla archiv do pořádku.
Pravdou je, že když Nádherný do archivu nastupoval, byl v žalostném stavu. Bylo by ovšem neobjektivní vinit za tento stav jen jeho předchůdce. Archiv neměl potřebnou vážnost u vedení gubernia. Přestože měl archiv systemizovaného zřízence již od roku 1754 nebyla tato funkce obsazena. A kupříkladu přímý Nádherného předchůdce čapek zastával u gubernia i jiné místa. Z důvodu nedostatečného personálního obsazení se nedařilo zařazovat vypůjčené spisy zpět na své místo a tím bylo téměř znemožněno je znovu nalézt ač byly již zmanipulovány. Dalším důvodem mechanického nepořádku bylo stěhování archivu z roku 1784 do bývalého jezuitského profesního domu, kde byla větší část umístěna v kryptě sousedícího kostela sv. Mikuláše. Nepořádek tímto vzniklý byl příčinou Nádherného přehnaně kritického názoru na Klauserovu manipulaci.